一、保证举证责任倒置的有限性
(一)适用领域有限性
在食品安全风险预防中适用举证责任倒置，首先要注意其适用的领域。并不是只要存在不确定的风险，就由生产经营者承担举证责任，只有在某个特殊领域，适应举证责任倒置更有利于预防食品安全风险，同时又不会加重生产者责任时，有限合理的适用举证责任倒置，才能真正发挥举证责任倒置在食品安全风险预防中的作用。比如，为了更好地规制转基因食品、食品添加剂、杀虫剂、维生素食品等新兴的、具有风险性的产品，欧盟在这些领域通过建立事先审查制度，由活动主张者承担举证责任，实现举证责任倒置。在这些新兴领域，无论有哪方承担举证责任，都很难有科学的、具有说服力的结论，考虑到风险的危害性、不确定性以及举证的成本，将举证责任交由生产经营者，更能激励生产经营者加强对相关领域的研究，作为活动主张者，其能更早、更近的接触到风险食品，通常会更了解食品的成分、特性，在承担举证责任时能节省时间、成本。除此之外，对于普通的风险，其举证责任还是应当由食品监管机关承担。
(二)适用阶段的有限性
为了更好地规制转基因食品、食品添加剂、杀虫剂、维生素食品等新兴的、具有风险性的产品，欧盟在这些领域通过建立事先审查制度，由活动主张者承担举证责任，实现举证责任倒置。欧盟将举证责任倒置的适用限制在准入阶段，其适用范围显得有些狭小。在食品安全风险预防过程中，在保证举证责任倒置有限性的基础上，适当扩展适用的范围，比如在评估过程中、监测、召回过程中在部分领域适用举证责任倒置，具有重大意义。
二、设定合理的证明标准
在限定了举证责任倒置的适用范围后，接下来就要限定证明标准。举证责任倒置使得生产经营者证明责任太大，举证困难，证明成本高，尤其是对于中小企业而言，更是如此。因此，为了有效发挥举证责任倒置在食品安全风险预防中的作用，对于生产经营者的证明标准就不能太苛刻。对于存在的风险而言，证明标准主要有两种：第一种是生产经营者要证明其食品是安全的;第二种是生产经营者要证明其食品对人体是无害的。第一种的证明标准要求更高一些。在实践中，风险不确定时，常规模式强调行政机关承担证明风险存在的举证责任，只是这种证明标准有所降低，即不要等待风险实现，只要此种风险超过了不能容忍的范围，行政机关就可以依法采取预防措施。在此基础上，如果反对者不能有效证明风险不具有现实性，则预防措施应当被认为是合法的。由于本身是在风险不确定的情形下，设置举证责任倒置，生产经营者几乎不可能证明某项活动完全没有风险，而在举证责任倒置后的证明标准上，也不应过于苛刻，若生产经营者只要能够证明某种食品是无害的或是虽不能证明某种食品不会对人体健康造成威胁，但对行政机关列举的证据产生了重大的挑战或合理的怀疑，因此，就可以认定为食品生产经营者的举证达到了证明标准。
三、正确理解举证责任倒置与行政决策之间的关系
食品生产经营者承担举证责任，只是运用科学技术对风险不确定性的某种证明，进而说服食品监管者做出对食品生产经营者有利的行政决策。但食品监管者做出决策，不仅考量了食品生产经营者对风险的证明情况，还要考虑其他法因素(非科学技术上的，比如社会、经济、道德、传统、环境等方面的因素)。换言之，生产经营者的证明责任是科学上的，食品监管者的决策是政治上的，二者性质不同。在生产经营者完成举证责任之后，即使达到了证明标准，食品监管者也不一定必然做出有利于生产经营者的决策，或是在没有达到证明标准时，比如在食物极为紧缺的时期，食品监管者对于风险不太大的食品，即使生产经营者的证明没达到证明标准，食品监管者在衡量食品充足与不确定风险后，很可能选择放弃预防措施。
因此，即使实施了举证责任倒置，生产经营者的证明只是食品监管者决策时重要参考部分，并不是唯一标准。因此，食品监管者在决策时并不能完全依赖于生产经营者的举证情况，为了保障生产经营者的合法权益，食品监管者在考虑生产经营者证明情况之外的因素时，如果存在合理因素考量不当或滥用，必将出现同等行为、差别对待的情形，同时也会忽视生产经营者的举证情况，危及举证责任倒置在食品安全风险预防中作用的发挥。因此，为了更好的保障举证责任倒置在食品安全风险预防中的作用，不仅要规范其适用范围和证明标准，还要对食品安全监管者在合理因素考量方面的自由裁量进行规范，防止食品监管者借合理因素考量的名义否定举证责任倒置的价值。
四、结语
将举证责任倒置引入食品安全风险预防领域，是对食品风险预防过程中传统举证模式的突破。其具有一定的优越性，但同时也可能带来一列问题。因此，在适用举证责任倒置时，要谨慎对待。只有综合各方利益，坚持依法行政原则，限定其适用的范围、证明标准，防止举证责任倒置的适用带来的一系列问题;同时，还要将举证责任倒置和整个行政决策联系起来，从整个决策过程来分析举证责任倒置，从而进一步保证举证责任倒置在食品安全风险预防中作用的发挥。